Kerekes Zsombor 1990-ben a szerb Becsejben kezdte pályafutását, majd a Szpartak Szubotica érintésével 1999-ben érkezett hazánkba, a Nagykanizsa FC-hez. A kanizsaiaknál az 1999-es őszi szezonban 16 mérkőzésen kétszer volt eredményes a támadó, ám így is felkeltette a debreceniek érdeklődését, akik 2000 telén leigazolták. A Lokiban 2003-ig 83 bajnoki mérkőzésen lépett pályára, és 32 gólt szerzett.

A vajdasági származású játékos ezt követően a kínai Tiencsin Tedához szerződött, majd pécsi kitérőt követően ismét Debrecenbe került. 2004-ben Szlovákia ellen bemutatkozott a magyar válogatottban is, amelyben összesen kilencszer lépett pályára, ezeken a találkozókon két gólt szerzett.

2005-ben Hollandiába, a Willem II-hez igazolt, majd két évvel később ismét visszatért a hajdúságiakhoz. 2009 decemberében jelentette be, hogy felhagy az aktív futballal.

A Lokival három bajnoki címet, egy ezüst és egy bronzérmet, illetve két Magyar Kupa-aranyat gyűjtött be.

Edzőként a DEAC-nál kezdett dolgozni, majd 2015 nyarán a Debreceni Labdarúgó Akadémiához került egyéni képzőnek.